Entre mai 2006 et avril 2007, Native a effectue un bilan des émissions de gaz a effet de serre (GES) de la filière biologique de l'Usine de Sao Francisco (UFRA). Cette évaluation a été réalisée selon le protocole GHG - modèle international pour mesurer les émissions - en considérant les effets de la culture de la canne et la production de sucre et d'alcool a l'usine. Compte-tenu qu'une partie de cette production est destinée a l'exportation, l'énergie nécessaire pour le transport de ces marchandises vers leur destination finale (USA, Europe, Japon) a également été prise en compte.

Les quantités d'émissions trouvées pour UFRA sont plus basses que les niveaux moyens d'émissions de l'industrie de la canne a sucre, du fait de ses méthodes de production biologiques. Comparée a la production de sucre a partir de la betterave en Europe ou au Japon, ou encore a la production de sucre a partir de la betterave ou du mais aux Etats-Unis, les écarts sont encore plus nets, car ces méthodes de production fonctionnent a partir d'énergies fossiles alors que UFRA utilise de l'énergie a base de bagasse de canne a sucre.